Maria, Gregory e Isobel vanno alla ricerca di indizi sul misterioso alieno che la Macchina Lockhart cerca di contattare, mentre Liz e Max viaggiano fino a Los Angeles per recuperare delle spore che potrebbero salvare Max, nell'attesa di riuscire a completare l'equazione di Theo. Nel frattempo, Alex cerca di sistemare la Macchina Lockhart eliminando un chip del Progetto Shepherd che ha trovato al suo interno. Ma favorandoa stretto contatto con l'oggetto per troppo tempo, inizia ad avere pericolose allucinazioni.