Il col. Young e gran parte del personale militare vengono catturati dall'Alleanza Lucian e Dannic li abbandona su un pianeta vicino. Intanto, sulla nave, il dr. Rush, Brody, Chloe ed Eli tentano un piano rischioso per spingere l'Alleanza alla resa.

Il bisogno di cibo e acqua è urgente e Rush riesce a trovare un pianeta vicino che sembra abitabile, ma raggiungibile solo con la navetta. Mentre si dirigono sul pianeta, incontrano una violenta turbolenza e devono tentare un atterraggio di fortuna.

La Destiny sta per scontrarsi con una nave antica che fluttua nello spazio. Il panico si tramuta in sorpresa quando le navi si agganciano. L'equipaggio scopre che la nave potrebbe contenere la chiave per tornare sulla Terra e altri segreti nascosti.

Sulla Destiny, il comportamento di Chloe causa preoccupazioni e Scott fa una scoperta scioccante mentre perlustra l'alloggio di Chloe: un diario con scritte aliene. Lo mostra a Young e Rush, che decidono di tenere sott'occhio Chloe.

Mentre esplora un nuovo pianeta, il ten. Scott viene attaccato e infettato da un'aggressiva creatura simile a una pianta. Le sue condizioni peggiorano e Tamara cerca un modo per bloccare l'infezione aliena, mentre si avvicinano altre creature.

Il col. Young (Louis Ferreira) è perseguitato da una visione ricorrente in cui gli alieni attaccano e distruggono la Destiny. Dopo aver allertato l'equipaggio, inizia a temere di stare impazzendo e mette in discussione il suo ruolo di comandante!

Quando la Destiny incontra una nave gravemente danneggiata, il dr. Rush e il col. Young decidono di raggiungerla con le tute spaziali. Ma per una serie di eventi inattesi, Rush e Young rimangono bloccati sulla strana nave.

Simeon, un prigioniero dell'Alleanza, scappa causando una caccia all'uomo su un pianeta lontano. Ma il Comando Terrestre pensa che abbia informazioni utili e ordina di catturarlo vivo: deve essere riportato indietro prima che uccida o venga ucciso.

I membri dell'equipaggio lasciati su un pianeta tempo prima ritornano misteriosamente sulla Destiny, ma non ricordano niente. La cosa si fa inquietante e i ricordi dei membri ricomparsi, risvegliati dalla terapia regressiva, si rivelano disastrosi.

Sperando di trovare qualcosa di utile, la Destiny segue una traccia energetica che la porta a una misteriosa distesa di resti di navi. Senza segni visibili di pericolo, l'equipaggio va a controllare più da vicino. Ma le cose non sono come sembrano.

Bloccata in una battaglia contro dei droni, la Destiny è sorpresa dall'arrivo degli alieni che avevano rapito Rush e Chloe. La Destiny viene attaccata di nuovo quando la sua posizione viene rivelata. Ma questa volta Rush ed Eli hanno un piano.

L'entusiasmo si diffonde sulla nave quando Eli crede di aver trovato un modo per collegarsi con la Terra. Ma il dr. Rush non vuole abbandonare la Destiny. Arriva una richiesta di soccorso e il piano potrebbe cambiare.

Greer e Wray si ritrovano intrappolati nel bel mezzo di un attacco di una nave aliena, contenente una bomba radioattiva, contro il Comando Terrestre. Intanto, Rush (Robert Carlyle) scopre che non tutti vogliono il loro ritorno a bordo della Destiny.

Mentre è collegata alle pietre nel tentativo di contattare il Comando Terrestre, il corpo di Chloe viene occupato dalla coscienza di Ginn. Eli deve riuscire a proteggere Chloe senza perdere Ginn. E solo un difficile intervento può salvare Volker.

Il Comando Terrestre vuole convincere degli alleati, tra cui sospetta si sia infiltrata l'Alleanza Lucian, a permettergli di usare il loro pianeta per alimentare e connettere la Destiny. Rush è intrappolato in una simulazione creata da Amanda Perry.

La squadra viene attaccata mentre esplora un pianeta e una creatura aliena cattura alcuni membri. La squadra deve farsi aiutare da Varro e i suoi uomini. Sulla Destiny, Eli e Brody, senza volerlo, intrappolano Brody in un dispositivo criogenico.

La Destiny trova i superstiti di una spedizione interplanetaria che sostengono che la loro civiltà, Novus, fu fondata 2000 anni prima dall'equipaggio della Destiny. A un tratto, vengono attaccati dai droni che ora sanno come rintracciare la Destiny.

La Destiny riporta i coloni sul loro pianeta Novus e scopre che il pianeta è stato abbandonato ed è nel bel mezzo di una distruzione sismica. Mentre trasferisce i dati di un archivio nascosto, l'equipaggio scopre le vere origini di Novus.

La Destiny non riesce a ricaricarsi da una stella per un attacco dei droni ed Eli suggerisce di usare una supergigante blu, una stella così calda che potrebbe distruggere la nave se non resterà qualcuno a bordo a controllarla manualmente.

Dopo una battaglia, alla Destiny non resta che raggiungere la prossima galassia in modalità FTL. L'equipaggio va sulla Terra per quello che forse sarà l'ultimo addio prima di partire. Ma una fermata rischiosa potrebbe compromettere l'intero piano.