Nel primo episodio della seconda stagione, Bright deve fare i conti con la sua coscienza, dopo le sconcertanti azioni compiute da sua sorella nel finale della prima stagione. Ora, dovrà prendersi cura di lei e dovrà proteggere sua madre, Jessica, da un segreto che potrebbe di nuovo distruggere la loro famiglia. Per distrarsi, Malcolm si getta a capofitto in un nuovo caso, in cui la vittima è stata decapitata, ma l'unica persona a cui può rivolgersi per chiedere aiuto è suo padre. Nel frattempo, Martin torna a Claremont, dove scopre di dover dividere la cella con un nuovo compagno di stanza (Michael Chernus). JT, intanto, diventa oggetto di discriminazione venendo preso di mira da alcuni colleghi poliziotti.